В Программе намечена постепенная реорганизация филиалов ОАО "РЖД" в его дочерние акционерные общества, а также выделение из структуры ОАО "РЖД" других самостоятельных хозяйствующих субъектов. В дальнейшем планируется минимизировать влияние ОАО "РЖД" на все эти вновь созданные структуры путем продажи пакетов их акций, находящихся у ОАО "РЖД", частным инвесторам. Тем самым будет достигнута независимость железнодорожных компаний от государства, а также созданы условия для привлечения частных инвестиций в развитие железнодорожного транспорта.

Компании, которые предполагается создать на базе ОАО "РЖД", будут образованы по видам деятельности. Основой для принятия решения о разделении существующих видов деятельности является их классификация на естественно-монопольные, временно-монопольные (потенциально конкурентные) и конкурентные.

Временно-монопольные и конкурентные виды деятельности должны быть открыты для конкуренции с целью повышения эффективности и уровня качества услуг, внедрения инноваций. Решено разделить грузовые, пассажирские пригородные перевозки, пассажирские перевозки в дальнем следовании, а также обособить в отдельные направления деятельности интермодальные (смешанные) и рефрижераторные грузовые перевозки. Это обусловлено прежде всего различиями между соответствующими рынками, основными фондами и техническими средствами, используемыми в соответствующих видах деятельности.

Вместе с тем отмечается, что, несмотря на то что формально с 2006 г. начался третий этап реформы, дальше акционирования МПС реформа не продвинулась. ОАО "РЖД", являясь крупнейшей компанией, всячески препятствует появлению на рынке конкурентов. Ситуацию усугубляет еще и тот факт, что практически вся инфраструктура железнодорожного транспорта задействована в бизнесе ОАО "РЖД", а механизмы регулирования доступа независимых, частных перевозчиков к ней государством не отработаны.