С конца прошлого века стали применяться и электронные коносаменты. С увеличением объема электронной торговли возникла потребность в использовании электронных аналогов бумажных документов. Поскольку национальным законодательством обмен коммерческими данными с помощью электронных коммуникаций не регулировался, ряд международных неправительственных организаций стали разрабатывать правила такого обмена в различных сферах деловой жизни.

Так, 29.06.1990 Международный морской комитет (ММК) утвердил Унифицированные правила для электронных коносаментов. Согласно этим Правилам право контроля над товаром и его передачи требует обладания личным кодом , который сообщ ается перевозчиком грузоотправителю после принятия товара к перевозке.

Однако электронные коносаменты применяются только по взаимному согласию сторон.
Коносамент обычно составляется отправителем и предоставляется на подпись перевозчику. Если перевозчик при приемке груза при внешнем его осмотре не обнаружит каких-либо повреждений самого груза или его упаковки, то он подписывает коносамент, который в таком случае называется "чистым". Если же будут обнаружены какие-то повреждения, то перевозчик указывает их в коносаменте и коносамент в таком случае будет именоваться "нечистым" или "коносамент с оговорками". При этом владелец товара может понести убытки.

Исполняющий в аккредитивной сделке банк, увидев вместо чистого коносамента коносамент с оговорками, может отказать поставщику товара в выдаче денежных средств. Поэтому отправители делают все возможное и невозможное, чтобы не допустить подписания коносамента с оговорками, используя при этом и меры давления на судовладельцев.

Товар и коносамент движутся в порт выгрузки независимо друг от друга. И зачастую коносамент прибывает позже товара, вызывая скопление товаров в порту и связанные с этим затраты. Однако получить свой товар кредитор может только в обмен на оригинал коносамента или путем предоставления соответствующего обеспечения перевозчику.